Bên cạnh sự thiếu hụt tác động trực tiếp của estrogen lên chuyển hóa xương, thiểu năng estrogen cũng có tác động bất lợi đến hệ cơ, tại đây hiệu ứng đồng hóa bị sụt giảm. Giảm tính năng của hệ cơ sẽ dẫn đến tiêu xương thông qua cơ chế cơ-sinh học. Sự gia tăng mất calci từ xương sẽ dẫn đến ức chế sản xuất parathormon.

Thiểu năng estrogen làm giảm hoạt động của α1-hydroxylase của thận, làm cho vitamin D3 hoạt động ít được hình thành. Điều này làm giảm hấp thu calci tại ruột non, làm cho cân bằng calci trở nên âm tính.

Bên cạnh đó sự giảm chế tiết calcitonin từ tế bào C tuyến giáp do thiểu năng estrogen cũng có vai trò nhất định. Thông qua đó cũng dẫn đến sự sụt giảm khối lượng xương ở nhiều mức độ khác nhau, không liên tục và đặc biệt rất rõ rệt khoảng 10-15 năm sau khi mãn kinh.

Sau khi mãn kinh khoảng 2/3 phụ nữ sẽ có sự mất chất khoáng ở xương với tốc độ 0,5-1% /năm và được xem là sinh lý (“người mất xương chậm”). Khoảng 1/3 các phụ nữ sẽ diễn ra sự mất xương nhiều, không liên tục với tốc độ đến 5%, trong một số trường hợp ngoại lệ lên đến 10% năm (“người mất xương nhanh”)